Eindrucksvolle Flurdenkmäler aus der Latènezeit (450 v.Chr.) sind die Hügelgräber bei Frankenbrunn. Teile der Frankenbrunner Markung scheinen zur großen Mark: Ober-Untererthal und Hetzlos gehört zu haben. 1657 lagen in Frankenbrunn „siebenthalbe“Höfe, die ehedem nach „Erthal zu der Pfarr gehörig gewest.“ Fränkische Ministeriale bauten ihre Höfe im Thulbatal (um 600) und auch Frankenbrunn, so benannt von den chattischen Bewohnern der Nachbardörfer, nahm damals seinen Anfang.
Das älteste schriftliche Zeugnis von Frankenbrunn stammt aus dem päpstlichen Schutzbrief Innozenz II. von 1141 als er das Benediktinerinnen – Kloster Thulba mit Franchenborne bestätigte. Gefälle und Einkommen besaß aber auch bis zur Zerstörung im Bauernkrieg, 1525, das Kloster Aura, das auf eine Bamberger Gründung zurückgeht. Bereits 1504 wurde für die Orte Thulba, Frankenbrunn und Reith in Union ein Weistum (geltendes Gewohnheitsrecht) schriftlich fixiert. Nicht nur pfarrlich, sondern auch wirtschaftlich waren diese Orte stets eng miteinander verbunden. Daß der Weinbau in Frankenbrunn schon frühzeitig betrieben wurde, beweist 1603 ein „Bestandsbrief“ des Stiftes Haug, Würzburg, über den hiesigen „Wein- und Getreidezehnt“ und das topographische Handbuch von 1803 bestätigt dem Ort „einen guten Weinbau“.
Südöstlich von Frankenbrunn steht die Michaelskapelle auf der Hallstatter-Höhe, die eine besondere Geschichte aufweist. 1708 ließ sich Frater Josef aus Schönberg bei Bensheim/Bergstraße als Eremit bei einem wundertätigen Bildstock nieder und erbaut mit seinem Vermögen eine Kapelle zu Ehren des heiligen Michael, die er 1718 vollendete. Bis 1784 war die Klause besetzt, die Kapelle aber blieb weiterhin Zielpunkt vieler Wallfahrten. Erst 1947 beginnen die Frankenbrunner aus eigenen Mitteln eine Kirche zu bauen. 1949 wurde die St.-Bonifatiuskirche eingeweiht.
Weit über die Grenzen des Dorfes hinaus sind die „Frankenbrunner Musikanten“. Jeder sechste Einwohner in dem Dorf spielt ein Instrument. Zum Jahrhundertfest 1978 waren nicht weniger als 46 befreundete Kapellen erschienen. Seit dem 01. Juli 1977 ist Frankenbrunn ein Ortsteil der Marktgemeinde Oberthulba.
